Este Post es un poco específico y no va dirigido al usuario final.
Simplemente voy a comentar que me he topado con un Addon para WHM/Cpanel que sirve entre otras cosas para eso. Hay veces que creamos cuentas del tipo «Catch all» y las dejamos en el olvido y cuando queremos darnos cuenta está con 100.000 correos o más.
Una solución sería eliminar el fichero de correo a través de SSH pero dado que he visto este Addon que parece que hace más cosillas voy a ver si lo pruebo y ya os comento algo.
ConfigServer Mail Manager (cmm)
Saludos.
Edit1: Pues dado que desde hace no mucho tiempo la nueva version de cPanel requiere mbox en vez de maildir -o viceversa, no lo recuerdo con exactitud- y por pereza aun no hice la transformacion, pues justo la opcion de vaciar la cuenta de correo no aparece 
asi que no me vale. No obstante tambien he visto que ofrecen scripts de antivirus y firewall gratuitos, parece interesante.
Edit2 (27-nov-2007): Ahora si que si. Me ha tocado eliminar los correos. Era exageradamente exagerado: 1gb de correo basura y es que estaba en la cuenta catch-all y no era usada. Ya la he puesto para que enrute a :fail: y ahora me toca vaciar la cuenta. Dado que accediendo a través de webmail se queda un poco frito o más bien no aparece el listado de emails estoy probando un programita que aunque no es que sea una maravilla va haciendo su cometido bastante bien. Es el típico programa que se descarga las cabeceras y luego puedes borrar los mails. Me está descargando a razón de 40mails/segundo y luego la eliminación lo hace aproximadamente a 4mails/segundo, teniendo en cuenta que hay 133.021 mensaje, pues toca: 3325 segundos para la descarga (55 minutos) y luego 9 horas para el borrado. A esperar toca pues no tengo acceso root al servidor que yo creo que eliminando el contenido de la carpeta… pero como trabaja solo tampoco hay prisa. Ahi se queda.. xD
Edit2 (7abr2008): Pues lo he vuelto a necesitar y en su día no apunté el nombre del programa. Vallen POP3 Mail Checker.
Edit3 (18sep2008): MailBOX Exterminator, lo borra todo, molt be (sigo esperando lo mio) Es lo que tiene ser bueno, que le toman a uno el pelo; pero todo tiene sus límites incluso hasta yo tengo los mios y cuando estallo mejor no estar cerca.